Foi Director do Grupo de Investigação em Planeamento Urbano e Regional e presidiu ao Centro de Investigação do Espaço e Sociedade na Universidade de Lovaina. Anteriormente tinha sido Professor na Universidade das Ciências e Tecnologias de Lille, em França, e na Faculdade de Arquitectura, Planeamento e Paisagismo, na Universidade de Newcastle no Reino Unido).

Moulaert iniciou e coordenou vários projetos de investigação e desenvolvimento sobre inovação social no desenvolvimento territorial. Publicou extensamente sobre temas relacionados com a globalização, o institucionalismo, a inovação territorial, a economia social, a polarização social, a exclusão social, o desenvolvimento integrado dos espaços, o desenvolvimento regional, a governação europeia e as redes socioeconómicas. Outras áreas do seu interesse incluem a teoria evolutiva e a ecologia dos parques naturais. É fluente em 4 línguas e tem publicado em holandês, inglês, francês, alemão, italiano, espanhol e português. 

Nas suas recentes palestras e publicações, o seu foco tem sido a inovação social, o desenvolvimento territorial e a governação vinculada à base, bem como a governação dos bens comuns.